Los Órganos Internos de Control (OIC) de la Marina y Sedena permanecen bajo mando militar, pese a intentos de la Secretaría de la Función Pública de centralizar la supervisión y reforzar la fiscalización de recursos públicos.
El 21 de marzo de 2019, los titulares de Marina y Sedena, Rafael Ojeda Durán y Luis Cresencio Sandoval, enviaron una carta al presidente Andrés Manuel López Obrador solicitando que los Órganos Internos de Control (OIC) no fueran transferidos a la Secretaría de la Función Pública (SFP). En el documento pedían que el personal militar y naval, así como los recursos materiales y presupuestarios de los OIC, permanecieran bajo control castrense, de acuerdo con una investigación de Zorayda Gallegos para El Universal.
La solicitud respondía a la iniciativa de la SFP, encabezada entonces por Irma Eréndira Sandoval, de centralizar los OIC para fortalecer la supervisión en la administración pública y prevenir conflictos de interés entre auditor y auditado. Según el gobierno, los OIC tienen la función de vigilar el correcto uso de los recursos públicos y sancionar irregularidades.

En su misiva, Ojeda y Sandoval calificaron la transferencia como “inviable”, argumentando que afectaría las carreras y desarrollo profesional del personal militar. Tres días después, el expresidente López Obrador instruyó a la SFP respetar la autonomía de los OIC de Marina y Sedena, destacando la honestidad de sus titulares y la necesidad de cuidar el dinero público.
Entre 2023 y 2025, el OIC de la Marina realizó 37 auditorías sin reportar sanciones a servidores públicos por faltas graves, pese a denuncias de presuntos actos de corrupción y los recientes señalamientos de huachicol fiscal contra altos mandos navales, incluidos dos sobrinos políticos de Ojeda.
Actualmente, a diferencia de otras dependencias, los secretarios de Marina y Sedena continúan proponiendo a los titulares de sus OIC, manteniendo el control interno sobre auditorías y recursos, un esquema que ha sido cuestionado por expertos en transparencia y anticorrupción por la falta de supervisión externa efectiva.